En el tercer piso de Palacio Municipal se ubica, la Pinacoteca Municipal Ignacio Merino, con 85 años de trayectoria institucional, donde se guardan las pinturas más famosas de la historia del arte peruano, las mismas que pueden ser apreciadas a través de visitas guiadas previa coordinación. Fue el 29 de mayo de 1925 cuando se instituyó oficialmente la Pinacoteca Municipal Ignacio Merino, siendo burgomaestre de Lima don Pedro Rada y Gamio. En su intento por acrecentar sus preciadas colecciones, la Pinacoteca Municipal no ha desmayado en incorporar singulares piezas artísticas entre las que cabe destacar el legado Merino, compuesto por un conjunto de 39 lienzos que el reconocido pintor peruano cedió a la ciudad de Lima en el año de 1876. También figura la valiosa colección Pancho Fierro, compuesta por 254 acuarelas heredada por 

Ricardo Palma y cedida a la ciudad de Lima, así como obras de Daniel Hernández, José Sabogal, Juan Manuel Ugarte Eléspuru, Tilsa Tsuchiya, entre otros destacados pintores. Actualmente, la Pinacoteca Municipal cuenta con un acervo de 577 obras en exhibición, consolidándose así en una de las colecciones de arte peruano más prestigiosas del país, reconocimiento que le ha permitido ser difundida en libros, catálogos, publicaciones periódicas y diversos medios a nivel nacional e internacional. A la par de estas importantes colecciones, la Pinacoteca Municipal cuenta con destacadas obras galardonadas en los sucesivos concursos municipales realizados desde 1940 hasta 1980, obras que en su conjunto revelan el pensamiento y la estética que dominó la plástica peruana del siglo XX.

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